عملکرد نظام نوآوری يكي از مهم‌ترین مؤلفه‌هاي برنامه‌ريزي براي شکوفایی اقتصادي، اجتماعي، تأمين امنيت و رفاه جامعه است. دستاوردهای اندک در حوزه‌های نوآوری و اقتصادی، و عدم دستیابی به اهداف علمی کشور، حکایت از وجود چالش‌هایی در نظام نوآوری ایران دارد. حال‌آنکه بهبود وضعیت نظام ملی نوآوری ایران، نیازمند سیاست‌گذاری یکپارچه، همسو و مشخص است. نوعی از سیاست‌گذاری که بتوان بر اساس آن به تعیین سهم و نرخ مشارکت هر یک از بازیگران این نظام، و راهبردهای کلی پرداخت و بر بهره وری نظام ملی نوآوری افزود. اما حصول این امر مهم، جز در بستر سیاستی واحد، جامع و به‌دور از تشتت و تضاد سیاستی و فکری پشتیبان آن، ممکن نیست. در این راستا استفاده از معیارها و سنجه‌ های تنظیم‌گر، تسهیل گر و مبتنی بر پذیرش اجتماع متخصصان این حوزه، حائز اهمیت است تا بتوان بر اساس آن به شناسایی کاستی‌های فعلی در نظام ملی نوآوری و همچنین ارزیابی سیاست‌های فعلی این نظام پرداخت و راه را برای سیاست‌های کاربردی و راهبردی در آینده نیز، بهبود بخشید. در مقاله حاضر با توجه به اهمیت مشخص نمودن سنجه‌ای معیار و کارکردی، ابتدا با استفاده از روش مطالعه کتابخانه‌ای به مروری بر ادبیات و مطالعات موجود پیرامون نظام ملی نوآوری پرداخته و پنج سطح کارکردی مبتنی بر رویکرد کارکردی تدوین شد. سپس با کاربست پنج سطح کارکردی به‌دست‌آمده که شامل سطوح مدیریت و سیاست‌گذاری، خلق و اخذ دانش، انتشار دانش، به‌کارگیری دانش و زیرساخت‌ها می‌باشد، به مروری بر کاستی‌ها و چالش‌های مطرح شده متخصصان حوزه نوآوری از خلال 16 مقاله داخلی پرداخته و برای هر سطح کارکردی هم از منظر نظری و هم کاربردی و کارکردی، مصادیقی ارائه شده است. نتایج مطالعه حاضر نشان می‌دهد که 159 ضعف و کاستی از منظر متخصصان داخلی در نظام ملی نوآوری ایران قابل‌بازشناسی است که در قالب 43 شاخص زیرمجموعه 5 سطح کارکردی فوق قرار می‌گیرد. پرونده مقاله