در موضوع تغییر جنسیت با فقدان نص در قرآن کریم و روایات و همچنین سکوت قانونگذار مواجه هستیم ولی از بارزترین خصوصیات فقه امامیه، توانمندی و استعداد حضور در تمامی عرصه های علمی و مسائل جدید و مستحدثه است و فقهای معاصر با توجه به دو اصل پویایی و اعتماد قطعی بر متون و منابع دینی، چراغ فقاهت را روشن نگه داشته اند و همین امر موجب تولید و گسترش علم فقه شده است؛ از این رو در این مقاله با استناد به منابع معتبر اسلامی و اصول حاکم حقوق کیفری با روش تحلیلی و توصیفی به بازپژوهشی مبانی فقهی مشروعیت تغییر جنسیت پرداخته شده و همچنین و آثار مشروعیت تغییر جنسیت را بر بر نظم حقوق کیفری کنونی ایران مورد موشکافی قرار داده ایم. مبانی فقهی در مشروعیت موضوع تغییر جنسیت بر دو قسم است: دسته اول) مشروعیت مطلق؛ دسته دوم) مشروعیت مشروط؛ به نظر نگارندگان دیدگاه مشروعیت مشروط مطابق با موازین پزشکی و اصول حقوقی است و همچنین در امور کیفری با توجه به اصل تفسیر به نفع متهم و تفسیر مضیق قوانین کیفری، در هر موضوعی که شک در جنسیت متهم وجود داشته باشد، قوانین کیفری به کمک متهم می آیند و جنسیتی را اتخاذ می کنند که مسئولیت کیفری را متوجه وی نکند و همچنین با تغییر جنسیت از مرد به زن، زن فعلی داخل در احکام زنان خواهد بود و همین طور زن بعد از تغییر جنسیت به مرد؛ اصل بر این است که در صورت ارتکاب جرم، تابع آثار و احکام جنسیت جدید خواهند بود. پرونده مقاله